台湾有关方面粗暴对待大陆渔船致2名渔民遇难恶性事件发生后，18日，中国海警局表示，福建海警局将加强海上执法力量，在厦金海域开展常态化执法巡查行动。国台办对此表示坚决支持。另外，国台办还强调，两岸渔民自古以来在厦金海域传统渔场作业，根本不存在所谓“禁止、限制水域”一说。
据台媒此前报道，台湾金门“初日号”游艇19日行经金门县海域附近时，福建海警登船临检约30分钟。台媒分析称，此举等同于宣示水域的管理权和执法权。而台当局“海委会主委”管碧玲则在隔日受访时却扬言大陆此举“伤害两岸人民情感”，管碧玲还称，未来台方船舶若遇大陆海警登检，“可依据标准程序不停留或转弯避开，并第一时间通知海巡协助”。台当局前外事官员、知名时事评论员介文汲就在节目上批评，他搞不懂管碧玲为什么会这样建议民众，如果有一个新的罪名，这就叫做“陷人民于危险之罪！”
民意代表陈玉珍今天（21日）上午受访时指出，台“海委会”称台湾船只可以拒检，但做不到。游艇的事情是因台湾观光船开到大陆海域，大陆要临检是其执法权，台湾人没办法也无力拒绝。要台湾船只自己拒检，是为难民众。
陈玉珍认为，两岸以前会希望搁置争议，求同存异，讨论民生经济议题。但现在两岸没有很好的沟通管道，关系冰封，她感受到大陆的政策是走自己的路，朝自己想做的方向走。
台湾“联合新闻网”发表评论指出，大陆渔船翻船二死事件，因官员隐瞒台湾海巡部门“执法”失当也未搜证，台当局安全高层文过饰非，造成两岸情势升温。之所以危机升高，就肇因以“大内宣”方式应变，而正处于“看守”当局领导人蔡英还在海边玩“大内宣”，剪彩吃大餐享受“毕业旅行”。
台媒文章指出，台湾海巡部门“执法”手段严厉异于以往，且拿不出证据说明，为何要在两岸关系紧张、新旧任台当局交接时，对没有立即危害的大陆渔船紧追不舍。再者，没有依规定实施摄影、拍照及录音存证，以致碰撞肇事的真相和责任无法查清追究。是真的没有搜证，还是有难言之隐？
台媒指出，从管碧玲上追“台湾安全会议”乃至蔡英文，早该知道台方人员有疏失。第一时间就该诚实面对，消弭误会降低敌意。但当局舍此不为，非要等到大陆出动海警登船检查，但两岸民间敌意已难降温。
台媒更批评，管碧玲叫台湾民船日后拒检驶离，“大内宣”尽说漂亮话，倘若发生意外，让叫卖人血“芒果干”煽动“仇中”吗？当局说谎掩饰无能，根本漠视人命。（海巡导报记者 林静娴 整理报道）